| E | Galär | 1721 |
| Ebeneser | Fregatt | 1717 |
| Edda (2) | 1kl Kanonbåt | 1882 |
| Ehrenpreutz | Galär | 1749 |
| Ehrensköld (2) | Jagare | 1926 |
| Ekeblad | Galär | 1749 |
| Ekholmsund | Fregatt | 1724 |
| Elefant | ? | 1563 |
| Elefanten (1) | Skepp | 1598 |
| Elefanten (5) | Skottpråm | 1713 |
| Elefanten I | Styckepråm | 1707 |
| Elefanten II | Skottpråm | 1717 |
| Elfsborgs Bark | Bark | 1566 |
| Elg | ? | 1566 |
| Engel | ? | 1560-talet |
| Engelen | ? | 1560-talet |
| Engelsman | ? | 1590-talet |
| Engelska drake | ? | 1598 |
| Engel Gabriel | Skepp | 1560-talet |
| Engelska Pinka | Pinka | 1560-talet |
| Enhörningen | Skepp | 1560--talet |
| Enigheten (1) | Skepp | 1696 |
| Enigheten (2) | Skepp | 1732 |
| Enigheten (3) | Fregatt | 1767 |
| Enigheten (4) | Fregatt | 1769 |
| Erik Segersäll (1) | Turuma | |
| Erik Segersäll (2) | Hemmema | 1809 |
| Estland | Skepp | 1683 |
| Etna | Bombkits | 1754 |
| Eugenie | Fregatt | 1844 |
| Eurydice | Fregatt | 1785 |